Identificação e caracterização de dois isolados de cole latent virus que infectam brássicas

Abstract

O cole latent virus (CoLV) infecta brássicas e tem sido identificado apenas no Brasil. O vírus possui partículas flexuosas alongadas com cerca de 650 nm de comprimento e genoma constituído por RNA de fita simples poliadenilado com cerca de 8 kb. Apesar do CoLV não ter seu genoma completamente sequenciado, Cole latent virus é aceita pelo International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) como espécie definitiva do gênero Carlavirus. Diante da escassez de informações da interação vírus-hospedeiros e da inexistência de sequências completas do genoma do CoLV, foram conduzidos testes biológicos e moleculares a partir de espécies e variedades comerciais de brássicas assintomáticas e sintomáticas coletadas nos Estados de Alagoas, Goiás, Paraná, São Paulo e Distrito Federal. Para a confirmação da presença do CoLV, as amostras foram inoculadas mecanicamente em diferentes espécies de plantas indicadoras e de brássicas comerciais e submetidas a RT-PCR utilizando primers específicos para a região 3’ do genoma do CoLV. Após a identificação molecular, foram selecionados dois isolados provenientes dos municípios de Divinolândia, SP e Arapiraca, AL, denominados, respectivamente, T25 e T90, que induziam em suas hospedeiras originais (B. oleracea var. acephala, “couve-manteiga”) sintomas foliares de clareamento de nervuras e mosaico. Para a obtenção da sequência completa dos genomas dos isolados de CoLV selecionados, foi utilizado o sistema de sequenciamento de alto rendimento (HTS) associado à tecnologia HiSeq 2500 (Illumina, San Diego, USA), sendo as extremidades 5’ obtidas por meio de 5’RACE (Rapid amplification of cDNA ends). Nicotiana megalosiphon comportou-se como uma eficiente hospedeira experimental, expressando sintomas severos, o que facilitou a triagem das amostras para posteriores testes moleculares. As análises das sequências completas dos dois isolados permitiram a identificação das seis ORFs (Open Reading Frame) típicas de Carlavirus. As porcentagens de identidade da capa proteica (CP) e replicase (RdRp), quando comparadas com outras espécies de carlavírus, foram inferiores a 67%. Porém, quando os isolados T25 e T90 foram comparados entre si, as identidades foram superiores a 72% para nucleotídeos e 80% para aminoácidos, estando esses valores de acordo com os critérios estabelecidos pelo ICTV para a demarcação de espécies de carlavírus. As sequências parciais da CP dos isolados T25 e T90 foram comparadas com o isolado tipo de CoLV (AY340584.1), obtendo-se valores de identidade superiores a 75%. As sequências genômicas dos isolados T25 e T90 foram depositadas no Genebank e constituem os primeiros registros de genomas completos do CoLV.