Variabilidade genômica e emergência de pequenas ORFs no RNA2 de passion fruit green spot virus

Abstract

O passion fruit green spot virus (PfGSV), pertencente ao gênero Cilevirus (família Kitaviridae), é um vírus fitopatogênico associado a surtos históricos na cultura do maracujazeiro e capaz de infectar também espécies ornamentais. Estudos recentes indicam que o extremo 5’ do RNA2 do PfGSV representa uma região de plasticidade genômica, abrigando pequenas ORFs cuja emergência pode estar relacionada a processos adaptativos envolvendo tanto o hospedeiro quanto o vetor Brevipalpus. Neste trabalho, buscou-se caracterizar a variabilidade genética dessa região, com ênfase na prevalência, organização e possíveis funcionalidades das ORFs p13, p11, Δp11 e p7. Para tanto, foram analisados 27 isolados coletados entre 2013 e 2023, abrangendo 23 amostras do Brasil, duas da Colômbia e duas do Paraguai, a partir de sequências obtidas por sequenciamento Sanger, dados prévios de HTS (high throughput sequencing) gerados pelo grupo de pesquisa e informações depositadas no GenBank. As análises compreenderam detecção molecular por RT-PCR, clonagem, e sequenciamento Sanger. Abordagens bioinformáticas foram utilizadas para a montagem e alinhamento das sequências, buscas de homologia, predições de domínios funcionais, modelagem estrutural por AlphaFold e avaliação do contexto de Kozak para as diferentes ORFs. Os resultados revelaram que o alelo p13 foi o mais prevalente, detectado em 21 isolados distribuídos em diferentes regiões e hospedeiros, enquanto p11 ocorreu em apenas um isolado proveniente da Bahia e Δp11 em três isolados, dois do Paraguai e um de São Paulo. As análises demonstraram que esses três alelos representam uma série de truncamentos que interromperam a ORF, sugerindo relação evolutiva entre eles. No caso da ORF p7 foram identificados seis alelos, com variação de comprimento decorrente de mutações no códon de início e de mutações sem sentido que introduziram códons de parada prematuros. A investigação dos contextos de Kozak indicou padrões fortemente favoráveis para p7 e eficiência moderada para p15 e p13, reforçando a hipótese de que a tradução dessas pequenas ORFs poderia ser modulada de maneira adaptativa. Predições funcionais apontaram para a presença de sítios conservados de glicosilação na ORF p13 e seus alelos, além de similaridade remota de p11 com domínios nucleases, sugerindo potenciais papéis funcionais na interação vírus-hospedeiro. De forma geral, os achados indicam que o extremo 5’ do RNA2 do PfGSV é uma região com alta variabilidade, podendo atuar como reservatório para o surgimento de ORFs emergentes. A caracterização dessa plasticidade genômica reforça a importância de pequenas proteínas acessórias na adaptação e evolução viral, apontando para possíveis mecanismos de manutenção do ciclo infeccioso e de otimização da transmissão pelo vetor. O trabalho contribui para a compreensão da diversidade genômica do PfGSV, fornecendo subsídios relevantes para estudos futuros de epidemiologia e evolução dos cilevirus.